Dopo la strenua battaglia contro i Mazone, Harlock lasciò la Terra insieme a Meeme e Tochiro, scomparendo dalle vite delle persone. Gli altri membri dell'equipaggio dell'Arcadia, esclusi i due e il loro pappagallo, intrapresero strade separate dopo essersi separati da Harlock sulla Terra. La storia inizia con l'arresto da parte dell'agenzia di sicurezza spaziale di un piccolo gruppo di pirati spaziali autonomamente formato da uno degli ex membri dell'equipaggio, Kei Yuki. La trama si svolge sul pianeta colonizzato K-12, noto come "il pozzo", situato a distanza siderale dalla Terra. Su questo pianeta, Taiha Tadashi conduce una vita difficile, in una società rigidamente controllata, abbandonato ai margini. Una notte, Tadashi trova suo padre assassinato e quattro individui chiamati "Nu" nella sua casa. Mentre uno dei Nu sta per uccidere Tadashi cosicché non possa più parlare, Harlock interviene con la sua spada gravitazionale. "L'uomo vero deve salire a bordo della mia nave," disse Harlock mentre se ne andava.
