La serie inizia con il malvagio Megatron e il suo gruppo dei Predacon che attaccano la grande città di Metro City per rapire il dottor Kenneth Onishi e capire dalla sua mente superiore l'ubicazione della Fortezza Maximus, antica e misteriosa arma Cybertroniana nascosta sul pianeta Terra. Ma a sua insaputa gli Autorobot, guidati dal saggio ed eroico Optimus Prime, sono già lì da tempo in attesa di un loro attacco. Il giovane figlio del dottor Onishi, Koji, finisce per allearsi con gli Autorobot molto presto. Lord Megatron scopre, grazie all'analisi della brillante mente del famoso scienziato, l'ubicazione delle misteriose Componenti O. Inizia così una caccia al tesoro in giro per il mondo tra gli Autorobot e i Predacon per recuperarle tutte. Come ulteriore rinforzo, Megatron ritrova delle protoforme Autorobot inattive dentro a un'astronave schiantata e le riprogramma creando così i Decepticon, guidati da Scourge. Scourge è involontariamente un clone malvagio di Optimus Prime, in quanto quest'ultimo è stato accidentalmente scansionato dalla sua protoforma insieme alla sua modalità veicolo....
