Æon Flux è ambientato nell'anno 7698, all'indomani di un collasso ambientale che ha ucciso quasi tutta la popolazione globale. L’umanità sopravvive in due città-Stato confinanti, Monica e Bregna, situate in quella che era l'Europa orientale. La serie racconta le vicende di una giovane e sensuale agente segreta di nome Æon Flux, una Monican abile nell'assassinio e nelle acrobazie. La sua missione è quella di infiltrarsi nelle fortezze della vicina Bregna (dove governa la sua nemesi e amante, il dittatore tecnocrate Trevor Goodchild). Monica rappresenta una dinamica società anarchica, mentre Bregna incarna uno stato di polizia (in un'occasione, la città è definita come la "Repubblica di Goodchild").
